三水镇主要自然灾害有洪灾、内涝、旱灾、雷击等。2008年5月12日的汶川特大地震，造成全镇房屋倒塌11间，形成危房205间，22处高烟囱严重裂缝，大桥栏杆倒塌21米，机关办公楼严重损坏。2011年9月20日，因境内突降暴雨，上游洪峰又至，境内河流水位猛涨，境内乡、集镇全部受灾，5372户、16126人因灾受损，有9个村的6000余人被洪水围困近20个小时；毁坏耕地0.4万亩，农作物受灾1.5万亩，成灾1.1万亩，绝收0万亩，房屋倒塌156间、损坏180间；冲毁桥梁1座；13家企业停产，造成全镇直接经济损失1400万元。 [1]
